Η Αρχεντίνος Τζούνιορς, ιδρύθηκε το Δεκαπενταύγουστο του 1904 σε μια αναρχική βιβλιοθήκη του Πατερνάλ (γειτονιά του Μπουένος Άιρες) ως Mártires de Chicago (Μάρτυρες του Σικάγου), προς τιμήν των εργατών που τιμωρήθηκαν με φυλάκιση ή απαγχονισμό μετά την Πρωτομαγιά του Σικάγου.

Στη σύνδεσή της με την Αριστερά οφείλεται το κόκκινο χρώμα της στολής της και το προσωνύμιο bichos colorados, δηλ. «κόκκινοι κοριοί».

Μολονότι ανήκει στους μικρομεσαίους, η Τζούνιορς χαίρει μεγάλου σεβασμού ως ομάδα με πολύ καλά τμήματα υποδομής, όπου ξεκίνησαν το ποδόσφαιρο κάποια απ’ τα σπουδαιότερα ονόματα των τελευταίων δεκαετιών.

Ενδεικτικά είναι τα ονόματα των Ντιέγκο Μαραντόνα, Φερνάντο Ρεδόντο, Χουάν Ρομάν Ρικέλμε, Χουάν Πάμπλο Σορίν, Φάμπιο Κολοτσίνι.

Για το λόγο αυτό συχνά ο σύλλογος αποκαλείται «νηπιαγωγείο» (Semillero).

Σημαντικότερη περίοδος της ιστορίας της είναι το πρώτο μισό της δεκαετίας του 1980, όταν με τα χρήματα που εισπράχθηκαν από την Μπόκα Τζούνιορς για τη μεταγραφή του Μαραντόνα, χτίστηκε μια ομάδα που κατέκτησε 2 Πρωταθλήματα Αργεντινής (1984-1985) και 1 Κόπα Λιμπερταδόρες (1985) καθώς και το Κόπα Ιντεραμερικάνα της ίδιας χρονιάς. Τελευταίος χρονικά τίτλος της ομάδας ήταν η Κλαουσούρα του 2010.

Αυτοί είναι οι μοναδικοί σημαντικοί τίτλοι στο παλμαρέ της.

Το 1975 τερμάτισε 19η από 20 ομάδες στο Μετροπολιτάνο αλλά για καλή της τύχη εκείνη την χρονιά δεν υποβιβάστηκε καμία ομάδα στην δεύτερη κατηγορία.

Στις 20 Οκτωβρίου 1976 η Αρχεντίνος έπαιζε με την Ταγέρες και κατά την διάρκεια του αγώνα οι τυχεροί θεατές είδαν να πραγματοποιεί το ντεμπούτο του με την πρώτη ομάδα ένας δεκαπεντάχρονος παίκτης ονόματι Ντιέγκο Αρμάντο Μαραντόνα.

Μάλιστα ήταν ο πιό νεαρός παίκτης που πραγματοποιούσε ντεμπούτο σε επαγγελματική ομάδα.

Παρόλο που οι Αρχεντίνος έχασαν αυτόν τον αγώνα με 1-0, ο Ντιέγκο θα γινόταν ο ηγέτης της ομάδας για τα επόμενα 4 χρόνια μέχρι να εκτοξευτεί η καριέρα του, με την μεταγραφή του αρχικά στην Μπόκα Τζούνιορς και μετέπειτα στην Μπαρτσελόνα καθώς και με τις εμφανίσεις του στην Εθνική Αργεντινής.

Στο Μετροπολιτάνο του 1979 ο Ντιέγκο θα στεφθεί ο νεότερος πρώτος σκόρερ με 14 γκολ, επιτυχία που θα επαναλάβει και τις επόμενες 3 σεζόν και θα γίνει ο δεύτερος παίκτης στην ιστορία του ποδοσφαίρου της Αργεντινής που θα καταφέρει να βγει πρώτος σκόρερ 4 συνεχόμενες σεζόν μετά από τον Χοσέ Σανφιλίπο, παίκτη της Σαν Λορέντσο την δεκαετία του ’50. Το 1980 η Αρχεντίνος θα τερματίσει δεύτερη στο Μετροπολιτάνο, επίδοση που είναι η καλύτερή της από το 1931 που συμμετείχε στο επαγγελματικό πρωτάθλημα.

Επίσης στην διοργάνωση Νασιονάλ την ίδια χρονιά έφτασε μέχρι τα προημιτελικά για πρώτη φορά.

Η Αρχεντίνος Tζούνιορς από την ίδρυση της και για τα επόμενα είκοσι χρόνια δεν είχε δικό της γήπεδο και νοίκιαζε αθλητικές εγκαταστάσεις στα περίχωρα του Μπουένος Άιρες.
Το 1925 αγόρασε μια έκταση στην συνοικία Πατερνάλ και έφτιαξε ένα γήπεδο χωρητικότητας περίπου 10,000 θέσεων το οποίο παραμένει ως έδρα της ομάδας έως και σήμερα.
Το 1940 έγινε η πρώτη ανακατασκευή του γηπέδου με την ανέγερση ξύλινων εξεδρών και άλλων παρεμβάσεων για να εναρμονίζεται με τους κανονισμούς της ομοσπονδίας ποδοσφαίρου της Αργεντινής.
To 1983 αποφασίστηκε η μεταφορά της έδρας της Αρχεντίνος στο γειτονικό στάδιο Ρικάρντο Ετσεβερίε της Φέρρο Καρίλ Οέστε αφού το Λα Πατερνάλ κρίθηκε ακατάλληλο και μικρό για την αυξανόμενη δημοφιλία της ομάδας.
Αρχικά υπήρχε η σκέψη να γίνει ανακατασκευή του γηπέδου με το ποσό που πηρε η Αρχεντίνος από το ποσοστό μεταπώλησης του Μαραντόνα στην Μπαρτσελόνα, αλλά τα λεφτά αυτά χρησιμοποιήθηκαν για άλλες ανάγκες του συλλόγου.
Έτσι το Λα Πατερνάλ σύντομα εγκαταλήφθηκε.
Το 1995 κατεδαφίστηκε το παλιό γήπεδο με σκοπό την ανακατασκευή του, όμως λόγω της κακής οικονομικής κατάστασης της ομάδας εκείνη την εποχή οι εργασίες θα καθυστερούσαν για 8 χρόνια.
Στις 26 Δεκεμβρίου του 2003 το νέο γήπεδο με χωρητικότητα 26,000 θέσεων ήταν έτοιμο και μετά από 6 μήνες η Αρχεντίνος, έχοντας προκριθεί πάλι στην Πριμέρα ξαναγύρισε στην φυσική της έδρα.
Η επιστροφή της ομάδας στην έδρα της συνέπεσε με τα 100 χρόνια από την ίδρυσή της και το γήπεδο μετονομάστηκε σε στάδιο Ντιέγκο Αρμάντο Μαραντόνα προς τιμήν του μεγαλύτερου ποδοσφαιριστή που έκανε το ντεμπούτο του με την φανέλα της Αρχεντίνος το 1976.