Ο σύλλογος ιδρύθηκε το 1904 και ως έδρα χρησιμοποιεί τη BayArena (πρώην «Ulrich-Haberland-Stadion») στην πόλη Λεβερκούζεν, χωρητικότητας 30.210 θεατών.

Αποκλειστικά στην Ελλάδα χρησιμοποιείται το παρατσούκλι «Ασπιρίνες» από το γνωστότερο προϊόν της ιδιοκτήτριας εταιρείας, ενώ στη Γερμανία η ομάδα έχει το προσωνύμιο «Werksel», δηλαδή «ομάδα του εργοστασίου».

Έχει χρώματα το κόκκινο και το μαύρο.

Η Μπάγερ Λεβερκούζεν θεωρείται ένα οικογενειακό σωματείο με ιδιαίτερα φιλικούς φιλάθλους.
Στις 27 Νοεμβρίου 1903 οι εργαζόμενοι στη χημική βιομηχανία Friedrich Bayer und Co. ζήτησαν από την εταιρία να τους υποστηρίξει στην δημιουργία ενός αθλητικού συλλόγου. Την πρωτοβουλία είχε ο Wilhelm Hauschild, ο οποίος συνέταξε τη σχετική επιστολή, την οποία υπέγραψαν άλλοι 107 συνάδελφοί του.

Η εταιρία συμφώνησε και την 1η Ιουλίου 1904 ιδρύθηκε η Turn- und Spielverein Bayer 04 Leverkusen.

Στις 31 Μαΐου 1907 δημιουργήθηκε το ποδοσφαιρικό τμήμα του συλλόγου.

Την εποχή εκείνη υπήρχαν διαμάχες ανάμεσα στους αθλητές της γυμναστικής και τους αθλητές των άλλων αθλημάτων.

Η διαμάχη αυτή οδήγησε τελικά στη διάσπαση του σωματείου.

Στις 8 Ιουνίου 1928 οι ποδοσφαιριστές έφυγαν από το σύλλογο κι έφτιαξαν την Sportvereinigung (SV) Bayer 04 Leverkusen, στην οποία εντάχθηκαν επίσης τα τμήματα χάντμπολ, φίστμπολ, πυγμαχίας, και στίβου.

Η νέα ομάδα διατήρησε τα αρχικά χρώματα του συλλόγου, το κόκκινο και το μαύρο.

Οι αθλητές της γυμναστικής που παρέμειναν στον παλιό σύλλογο, τον “TuS Bayer 04 Leverkusen”, καθιέρωσαν το κίτρινο και το μπλε.

Την περίοδο του μεσοπολέμου η Μπάγερ αγωνιζόταν στην τρίτη και στην τέταρτη ποδοσφαιρική κατηγορία.

Μόλις το 1936 προήχθη στη δεύτερη και ήταν η χρονιά που καθιέρωσε ως έμβλημα τον κόκκινο σταυρό της εταιρίας “Μπάγερ”.

Σε ανώτερη κατηγορία, την Oberliga West, ανέβηκε για πρώτη φορά το 1951.

Το 1956 υποβιβάστηκε και ανέβηκε ξανά το 1962.

Την επόμενη περίοδο ιδρύθηκε η Μπούντεσλιγκα.

Ο σύλλογος δεν εντάχθηκε σε αυτή αλλά στη Regionalliga West, όπου αγωνίστηκε με επιτυχία τα επόμενα χρόνια.
Το 1968 κέρδισε τον τίτλο στον όμιλό της στη Regionalliga West, αλλά στους αγώνες ανόδου βγήκε δεύτερη χάνοντας την άνοδο στην Α΄ κατηγορία.

Το 1973 υποβιβάστηκε στη Γ΄ κατηγορία, κατάφερε όμως πολύ σύντομα, το 1975 να ανέλθει στη νεοϊδρυθείσα 2. Μπούντεσλιγκα.

Τέσσερα χρόνια αργότερα, το 1979-80, η ομάδα κέρδισε για πρώτη φορά την άνοδό της στην Μπούντεσλιγκα, όπου έκτοτε αγωνίζεται αδιάλειπτα.

Τη δεκαετία του ’80 ο σύλλογος εδραιώθηκε στην κατηγορία.

Είχε καλά πλασαρίσματα χωρίς να κινδυνεύει, αλλά και χωρίς να διεκδικεί κορυφαίες θέσεις. Το 1984, έπειτα σχεδόν από μισό αιώνα, τα δύο κομμάτια του αρχικού σωματείου, η ποδοσφαιρική SV και η αθλητική TuS, ξαναενώθηκαν υπό την επωνυμία TSV Bayer 04 Leverkusen e.V..

Χρώματα του νέου σωματείου ορίστηκαν το κόκκινο και το λευκό, αλλά η ποδοσφαιρική ομάδα διατήρησε τις καθιερωμένες κοκκινόμαυρες εμφανίσεις.

Το 1988 η Μπάγερ κατέκτησε τον πρώτο σημαντικό της τίτλο, το Κύπελλο ΟΥΕΦΑ 1987-88 νικώντας σε έναν δραματικό τελικό την Εσπανιόλ Βαρκελώνης.

Αφού ηττήθηκε με 0-3 στη Βαρκελώνη, ισοφάρισε το συνολικό σκορ νικώντας με 3-0 στο Λεβερκούζεν και κέρδισε το κύπελλο στα πέναλτι με 3-2.

Το ίδιο έτος ανέλαβε ως γενικός μάνατζερ του συλλόγου ο Ράινερ Κάλμουντ (Reiner Calmund), υπό την ηγεσία του οποίου ο σύλλογος γνώρισε την καταξίωση στη Γερμανία και στην Ευρώπη.

Το 1990 ο Κάλμουντ έφερε στην Μπάγερ τους Ανατολικογερμανούς άσσους Ουλφ Κίρστεν (Ulf Kirsten), Αντρέας Τομ (Andreas Thom) και Γενς Μέλτσιγκ (Jens Melzig).

Λίγα χρόνια αργότερα στην ομάδα ήρθαν οι Βραζιλιάνοι Ζορζίνιο (Jorginho) και Πάουλο Σέρτζιο (Paulo Sérgio), ο Τσέχος Πάβελ Χάπαλ (Pavel Hapal) και οι Γερμανοί έμπειροι διεθνείς Μπερντ Σούστερ (Bernd Schuster) και Ρούντι Φέλερ (Rudi Völler).

Η πληθώρα αστέρων έφερε επιτυχίες στην ομάδα και περισσότερο κόσμο στο γήπεδο.

Το 1993 κέρδισε το Κύπελλο Γερμανίας νικώντας 1-0 τη Χέρτα Βερολίνου.

Το 1996 παρά λίγο να υποβιβαστεί αλλά σώθηκε χάρις στη βοήθεια παικτών, όπως οι Λούσιο, Έμερσον, Μπάλακ και Ζε Ρομπέρτο.

Από το 1997 κι έπειτα πρωταγωνιστεί στο πρωτάθλημα σχεδόν κάθε σεζόν, διεκδικώντας ακόμα και τον τίτλο.

Δύο φορές, το 2000 και το 2002 έχασε το πρωτάθλημα την τελευταία αγωνιστική.

Ειδικά το 2002 όπου διεκδίκησε με αξιώσεις δύο εγχώριους τίτλους και έναν ευρωπαϊκό, είχε τριπλή αποτυχία, αφού εκτός από το πρωτάθλημα έχασε τον τελικό του Κυπέλλου από τη Σάλκε 04 (2-4) και τον τελικό του Τσάμπιονς Λιγκ από τη Ρεάλ Μαδρίτης (1-2).

Παρά τις ατυχίες υπήρξε η πρώτη ομάδα που έφτασε μέχρι τον τελικό του Τσάμπιονς Λιγκ χωρίς να είναι πρωταθλήτρια της χώρας της.

Μάλιστα είχε δώσει προκριματικό αγώνα για να μπει στους ομίλους της διοργάνωσης.

Ακολούθησε μια μέτρια χρονιά, στην οποία κινδύνεψε με υποβιβασμό, ως την πρόσληψη του Κλάους Άουγκενταλερ (Klaus Augenthaler), που οδήγησε την ομάδα ξανά στους ομίλους του Τσάμπιονς Λιγκ το 2004 και στο Κύπελλο ΟΥΕΦΑ το 2005.

O Τσάμπι Αλόνσο έφερε το πολυπόθητο πρωτάθλημα στο Λεβερκούζεν το 2024!

Μπούντεσλιγκα (1): 2024
Κύπελλο Γερμανίας (1): 1993,
Κύπελλο ΟΥΕΦΑ (1): 1988
2η θέση Μπούντεσλιγκα: 1997, 1999, 2000, 2002, 2011
Φιναλίστ Κυπέλλου Γερμανίας: 2002, 2009, 2020
Φιναλίστ Τσάμπιονς Λιγκ: 2002

Το 2004 η Μπάγερ Λεβερκούζεν συμπλήρωσε έναν αιώνα ζωής και διοργάνωσε διαδικτυακή ψηφοφορία για την επιλογή της καλύτερης ενδεκάδας όλων των εποχών μεταξύ 51 υποψηφίων ποδοσφαιριστών.
Συμμετείχαν πάνω από 4.000 οπαδοί του συλλόγου.
Στις 21 Μαΐου 2004 ο σύλλογος ανακοίνωσε τα αποτελέσματα, σύμφωνα με τα οποία την ιδανική ενδεκάδα της Μπάγερ Λεβερκούζεν αποτελούν έξι Γερμανοί και πέντε Βραζιλιάνοι ποδοσφαιριστές…
Τερματοφύλακας: Rüdiger Vollborn
Αμυντικοί: Jorginho, Jens Nowotny, Lúcio, Juan.
Μέσοι: Bernd Schneider, Μichael Ballack, Emerson, Zé Roberto.
Επιθετικοί: Ulf Kirsten, Rudi Völler.