Ο Απόλλων Λεμεσού έχει κατακτήσει 4 πρωταθλήματα Κύπρου, 9 κύπελλα Κύπρου και 4 Super Cup, όντας η πέμπτη πιο πετυχημένη ομάδα σε κατακτήσεις τροπαίων στο κυπριακό ποδόσφαιρο.
Η ομάδα έχει 64 συμμετοχές στην Α΄ κατηγορία Κύπρου, συμμετέχοντας στο πρωτάθλημα αδιαλείπτως από την περίοδο 1957-58.
Ο Απόλλωνας ιδρύθηκε στις 14 Απριλίου 1954.
Προήλθε μέσα από τους Εθνικούς συλλόγους, οι οποίοι εξέφραζαν την εθνικιστική παράταξη της Λεμεσού.
Η αφορμή για την ίδρυση του σωματείου δόθηκε τον Φεβρουάριο του 1954 όταν προκηρύχθηκαν εκλογές στον Γυμναστικό Σύλλογο Ολύμπια (ΓΣΟ).
Το καταστατικό του ΓΣΟ απαγόρευε σε μέλη του να είναι συγχρόνως και μέλη σωματείου το οποίο να ασχολείται με τον αθλητισμό.
Ωστόσο, πολλά μέλη του ήταν παράλληλα και μέλη των Εθνικολαϊκών Συλλόγων και του τμήματος νεολαίας το οποίο διατηρούσαν, ένα τμήμα το οποίο είχε αναπτύξει τα προηγούμενα χρόνια αξιόλογη αθλητική δραστηριότητα.
Αυτό θα είχε ως αποτέλεσμα στις προκηρυχθείσες εκλογές τα μέλη των Εθνικολαϊκών Συλλόγων να κηρυχθούν παράνομα και δεν θα είχαν δικαίωμα ψήφου και δικαίωμα να θέσουν υποψηφιότητα.
Επιπρόσθετα, την περίοδο εκείνη υπήρχαν υπόνοιες και πληροφορίες ότι την ηγεσία του ΓΣΟ θα διεκδικούσαν μέλη του συλλόγου τα οποία ανήκαν στην αριστερή παράταξη.
Για να αποφευχθεί να περάσει ο έλεγχος του ΓΣΟ στην αριστερά, αναβλήθηκε η Γενική Συνέλευση.
Ακολούθως, οι Εθνικολαϊκοί Σύλλογοι σε Γενική Συνέλευσης του, η οποία πραγματοποιήθηκε στις 14 Απριλίου 1954 έλαβαν απόφαση διαχωρισμού του τμήματος νεολαίας από τους Εθνικολαϊκούς Συλλόγους, το οποίο αποτελούσε ανεξάρτητο σωματείο με την ονομασία «Αθλητικός Μουσικός Όμιλος Απόλλων Λεμεσού».
Ως χρώματα της ομάδας επελέγησαν το μπλε και το άσπρο.
Το 1965 ο Απόλλωνας ενοποιήθηκε με την Αμαθούς Λεμεσού, διατηρώντας την ονομασία του.
Το 1970 στον Απόλλωνα ενσωματώθηκε ο Αρίων Λεμεσού, αλλάζοντας το όνομα του σε Αθλητικός Ποδοσφαιρικός Όμιλος Λεμεσού «Απόλλων».
Ο Απόλλωνας εγγράφηκε στις τάξεις της Κυπριακής Ομοσπονδίας Ποδοσφαίρου στις 16 Οκτωβρίου 1955.
Εντάχθηκε στη Β΄ κατηγορία.
Στην πρώτη συμμετοχή του τερμάτισε στην τελευταία θέση της βαθμολογίας.
Ωστόσο, το ποδόσφαιρο δεν ήταν το κύριο μέλημα του συλλόγου.
Η ποδοσφαιρική ομάδα υπήρξε το καμουφλάρισμα της εθνικής δράσης την οποία ανέπτυξε το σωματείο την περίοδο του αγώνα της ΕΟΚΑ.
Όλα τα μέλη και όλοι οι ποδοσφαιριστές της ομάδας ήταν στρατευμένοι στις τάξεις της ΕΟΚΑ, αφοσιωμένοι στον απελευθερωτικό αγώνα.
Το σωματείο αποτελούσε το φυτώριο, το προπύργιο και το ορμητήριο της οργάνωσης στη Λεμεσό.
Μάλιστα, στις αρχές του 1956 οι αποικιοκρατικές αρχές έκλεισαν το οίκημα του σωματείου χαρακτηρίζοντας το ως «χώρο συγκέντρωσης ταραχοποιών στοιχείων».
Το 1956 προκλήθηκε μεγάλη αναταραχή μεταξύ συμβουλίου και ποδοσφαιριστών της ΑΕΛ Λεμεσού, η οποία είχε αναδειχθεί πρωταθλήτρια Κύπρου τις προηγούμενες δύο περιόδους (1954-55, 1955-56).
Αιτία ήταν η τιμωρία-αποβολή πέντε ποδοσφαιριστών. Σε ένδειξη συμπαράστασης και αλληλεγγύης προς τους συμπαίκτες τους, άλλοι 17 ποδοσφαιριστές αποσκίρτησαν από την ΑΕΛ.
Οι 22 ποδοσφαιριστές αρχικά αποτάθηκαν για να ενταχθούν στην ομάδα Β΄ κατηγορίας Πανελλήνιο Λεμεσού, ο οποίος δεν τους αποδέχθηκε.
Τότε οι ποδοσφαιριστές αποτάθηκαν στον Απόλλωνα, ο οποίος τους αποδέχτηκε (Σεπτέμβριος 1956).
Ενισχυμένος πλέον ο Απόλλωνας κατέκτησε το πρωτάθλημα Β΄ κατηγορίας 1956-57 και προβιβάστηκε στην Α΄ κατηγορία.
Προπονητής της ομάδας το 1956 ανέλαβε ο Αργύρης Γαβαλάς, ο οποίος ήταν τις προηγούμενες δύο δεκαετίες προπονητής της ΑΕΛ και αποχώρησε από την ομάδα το 1954 λόγω διαφωνιών με το συμβούλιο.
Παρέμεινε στον Απόλλων έως το 1962 και βοήθησε στην αναβάθμιση της ομάδας.
Πρώτη έδρα του Απόλλωνα ήταν το στάδιο ΓΣΟ στη Λεμεσό.
Το στάδιο αυτό το χρησιμοποιούσε από την ίδρυση του έως το 1975 που ολοκληρώθηκε η κατασκευή του Τσιρείου Σταδίου, έδρα που χρησιμοποιούσε η ομάδα μέχρι τον Νοέμβριο του 2022.
Το τελευταίο στάδιο το οποίο μετακινήθηκε ο Απόλλωνας Λεμεσού είναι το Αλφαμέγα stadium το οποίο χρησιμοποιεί έως σήμερα.
Τα στάδια αυτά αποτελούσαν και αποτελούν έδρα και των δύο άλλων ομάδων της Λεμεσού, ΑΕΛ και Άρη.
Ο Απόλλωνας πέτυχε τις περισσότερες νίκες (25) την περίοδο 2017-18.
Την περίοδο 1957-58 πέτυχε μόνο δύο νίκες.
Οι περισσότερες ισοπαλίες (14) σημειώθηκαν την περίοδο 1979-80. Την περίοδο 2003-04 σημείωσε μόνο μια ισοπαλία.
Την περίοδο 2005-06 δεν δέχθηκε ήττα. Τις περισσότερες ήττες (14) δέχτηκε τις περιόδους 1976-77 και 1994-95.
Τα περισσότερα τέρματα (90) σημείωσε την περίοδο 2017-18. Τα λιγότερα τέρματα (21) σημείωσε την περίοδο 1971-72.
Τα λιγότερα τέρματα (20) δέχτηκε τις περιόδους 1970-71 και 1990-91. Τα περισσότερα τέρματα (57) δέχτηκε την περίοδο 1962-63.
Την καλύτερη αναλογία τερμάτων (+64) είχε την περίοδο 2017-18 και τη χειρότερη (-14) την περίοδο 1982-83.
Τους περισσότερους βαθμούς (82) κέρδισε την περίοδο 2017-18.
Ο Απόλλων συμμετείχε για πρώτη φορά σε ευρωπαϊκή διοργάνωση στο Κύπελλο Κυπελλούχων 1966-67.
Η δεύτερη συμμετοχή ήλθε την αμέσως επόμενη περίοδο συμμετέχοντας στο Κύπελλο Κυπελλούχων 1967-68.
Τη δεκαετία του 1970 δεν συμμετείχε.
Η τρίτη συμμετοχή του Απόλλωνα ήταν στο Κύπελλο Κυπελλούχων Ευρώπης ποδοσφαίρου 1982-83, όπου αντιμετώπισε την Μπαρτσελόνα.
Στον πρώτο αγώνα ηττήθηκε 8-0 εκτός έδρας.
Στον επαναληπτικό κατάφερε και απέσπασε ισοπαλία 1-1 από τη μεγάλη αντίπαλο του.
Η πρώτη πρόκριση ήλθε στο Κύπελλο Πρωταθλητριών 1991-92 επί της ΦΚ Ουνιβερσιτατέα Κραϊόβα.
Ακολούθησε η πρόκριση επί της Βατς ΦΚ Σάμσουνγκ στο Κύπελλο ΟΥΕΦΑ 1993-1994.
Στην επόμενη φάση της διοργάνωσης αντιμετώπισε την Ίντερ από την οποία έχασε με 1-0 εκτός έδρας αλλά έφερε ισοπαλία 3-3 στην έδρα του.
Η Ίντερ στη συνέχεια κατέκτησε το τρόπαιο.
Στο Κύπελλο Κυπελλούχων 1998-99 ο Απόλλωνας κατάφερε για πρώτη και μοναδική φορά να αποκλείσει δύο αντιπάλους.
Ακολούθησαν μερικές άσχημες παρουσίες, όπως ο αποκλεισμός από την Κορκ Σίτυ στο ΟΥΕΦΑ Τσάμπιονς Λιγκ 2006-07.
Η περίοδος 2013-14 αποτελεί την πρώτη εκ των δύο σπουδαιότερων περιόδων της ιστορίας του.
Ξεκινώντας από τα πλέι-οφ του Γιουρόπα Λιγκ 2013–14 κατάφερε να αποκλείσει την ΟΖΚ Νις και να προκριθεί στους ομίλους της διοργάνωσης.
Αντίπαλοι του ήταν η Σ.Σ. Λάτσιο, Λέγκια Βαρσοβίας και Τραμπζονσπόρ.
Ο Απόλλωνας τερμάτισε στην 3η θέση και αποκλείστηκε.
Πέτυχε μία νίκη, εκτός έδρας επί της Λέγκιας που αποτελεί την πρώτη και μοναδική εκτός έδρας νίκη κυπριακής ομάδας σε ευρωπαϊκούς ομίλους.
Επίσης, έφερε και μια ισοπαλία 0-0 με τη Λάτσιο.
Την είσοδο τους στους ομίλους πανηγύρισε και την αμέσως επόμενη περίοδο. Ξεκινώντας από τα πλέι-οφ του Γιουρόπα Λιγκ 2014-15 απέκλεισε τη Λοκομοτίβ Μόσχας. Στον πρώτο αγώνα οι δύο ομάδες έμεινα στην ισοπαλία 1-1.
Στον επαναληπτικό ο Απόλλωνας κέρδισε εκτός έδρας τη μεγάλη αντίπαλο του με 4-1.
Στους ομίλους έχει ως αντιπάλους τις ΦΚ Ζυρίχη, Βιγιαρρεάλ και Μπορούσια Μενχενγκλάντμπαχ.
Στον πρώτο αγώνα, κατάφερε να πετύχει την πρώτη του εντός έδρας νίκη σε ομίλους, κερδίζοντας τη ΦΚ Ζυρίχη με 3-2.
Ωστόσο, στους επόμενους πέντε αγώνες δέχθηκε ισάριθμες ήττες και αποκλείστηκε.
Στο Γιουρόπα Λιγκ συμμετείχε και τις περιόδους 2015-16 και 2016-17 αλλά και στις δύο περιπτώσεις αποκλείστηκε στον γ΄ προκριματικό γύρο.
Ακολούθησε η συμμετοχή στους ομίλους του ΟΥΕΦΑ Γιουρόπα Λιγκ 2017–18 όπου τερμάτισε στην τελευταία θέση του ομίλου και αποκλείστηκε.
Ακολούθως, συμμετείχε στους ομίλους του ΟΥΕΦΑ Γιουρόπα Λιγκ 2018-19, όπου πέτυχε 2 νίκες και 1 ισοπαλία, τερμάτισε στην τρίτη θέση και αποκλείστηκε.
