Η Πάφος FC ιδρύθηκε στις 10 Ιουνίου του 2014.
Χρώματα της ομάδας είναι το μπλε και το λευκό.
Στις 18/05/2024 κέρδισε το Κύπελλο Κύπρου με 0-3 εναντίον της Ομόνοιας στο Γ.Σ.Π και κατέκτησε το πρώτο τρόπαιο στην ιστορία του συλλόγου.
Η ομάδα προήλθε από την συγχώνευση μεταξύ της ΑΕΚ Κουκλιών και της ΑΕΠ Πάφου.
Την περίοδο 2013-14 η ΑΕΚ Κουκλιών συμμετείχε για πρώτη φορά στο Κυπριακό Πρωτάθλημα Α΄ Κατηγορίας, όπου και υποβιβάστηκε.
Η ΑΕΠ Πάφου (η οποία αποτελούσε το προϊόν της ενοποίησης δύο ιστορικών ομάδων της Πάφου, του ΑΠΟΠ Πάφου και του Ευαγόρα Πάφου) συμμετείχε στο Πρωτάθλημα Β΄ Κατηγορίας (στα 14 χρόνια ύπαρξη της είχε 10 συμμετοχές στην Α΄ Κατηγορία) και αντιμετώπιζε πολλά οικονομικά προβλήματα και συνεχώς δεχόταν αφαιρέσεις βαθμών.
Με το τέλος της περιόδου άρχισαν συζητήσεις μεταξύ των δύο ομάδων για δημιουργία μιας νέας ομάδας ώστε η Επαρχία Πάφου να έχει μια υγιή οικονομικά και συνάμα ανταγωνιστική ομάδα.
Η προσπάθεια προνοούσε:
α) την διάλυση της ΑΕΠ, η οποία λόγω χρεών δεχόταν συνεχώς αφαιρέσεις βαθμών και είχε υποβιβαστεί στο Β2 Όμιλο της Β΄ Κατηγορίας με κίνδυνο να δεχθεί και περαιτέρω υποβιβασμούς.
Δεν έγινε προσπάθεια τυπικής ενοποίησης των δύο ομάδων, καθώς έτσι θα μεταφέρονταν και τα χρέη της ΑΕΠ στη νέα ομάδα, πράγμα που δεν ήθελαν οι παράγοντες των δύο ομάδων.
Τα περιουσιακά στοιχεία της ΑΕΠ (βοηθητικά γήπεδα, οίκημα) θα μεταβιβάζονταν στη νέα ομάδα.
β) την μετονομασία της ΑΕΚ Κουκλιών σε Πάφος FC (με την ενσωμάτωση της ΑΕΠ), ώστε να αποτελεί ομάδα όλης της πόλης και Επαρχίας Πάφου και να υποστηριχτεί από φιλάθλους και παράγοντες της ΑΕΠ και γενικότερα της Πάφου.
Στις 9 Ιουνίου 2014, κάθε ομάδα σε ξεχωριστή γενική συνέλευση ενέκρινε τα πιο πάνω.
Στις 10 Ιουνίου 2014, στο οίκημα της ΑΕΠ, έγινε η πρώτη συγκέντρωση των φίλων της νέας ομάδας, στην παρουσία πολιτικών και ποδοσφαιρικών παραγόντων της Πάφου.
Πρώτος πρόεδρος της ομάδας ανέλαβε ο Χριστάκης Κάΐζερ, ο οποίος ήταν ο πρόεδρος της ΑΕΚ Κουκλιών και ένας εκ των πρωταγωνιστών της προσπάθειας για δημιουργία της νέας ομάδας.
Το αρχικό έμβλημα της ομάδας ήταν παραλλαγή του λογότυπου της ΑΕΠ.
Σε αυτό περιλαμβανόταν το όνομα της ομάδας και το 2014 ως έτος ίδρυσης.
Επιπλέον, περιλάμβανε τη φιγούρα του εθνικού ήρωα και ποιητή Ευαγόρα Παλλικαρίδη.
Η φιγούρα του ήρωα περιλαμβανόταν και στο λογότυπο της ΑΕΠ και εντάχθηκε σε αυτό επειδή περιλαμβανόταν και στο λογότυπο του Ευαγόρα Πάφου, η ονομασία του οποίου προερχόταν από το όνομα του αγωνιστή της ΕΟΚΑ.
Στο λογότυπο περιλαμβάνονται τα χρώματα άσπρο, μπλε και κίτρινο.
Το καλοκαίρι του 2018 παρουσιάστηκε ένα ανανεωμένο λογότυπο για την ομάδα.
Πρώτη έδρα της ομάδας ήταν το Δημοτικό Στάδιο Γεροσκήπου «Μιχάλης Χρ. Κυπριανού» την οποία χρησιμοποίησε την περίοδο 2014-15 στο Πρωτάθλημα Β΄ Κατηγορίας.
Την περίοδο 2015-16, όταν αγωνίστηκε για πρώτη φορά στην Α΄ Κατηγορία, χρησιμοποίησε ως έδρα το Στάδιο «Στέλιος Κυριακίδης» (πρώην Παφιακό Στάδιο), το οποία συνεχίζει να χρησιμοποιεί.
Η νέα ομάδα συμμετείχε στο πρωτάθλημα Β΄ Κατηγορίας 2014-15.
Στον πρώτο αγώνα στην ιστορία της ηττήθηκε από την Ένωσις Νέων Παραλιμνίου με σκορ 1-3, στο Δημοτικό Στάδιο Γεροσκήπου.
Στο τέλος της περιόδου κατέφερε και κατέκτησε τη δεύτερη θέση και προβιβάστηκε στην Α΄ Κατηγορία.
Την περίοδο 2015-16, στην πρώτη συμμετοχή της στην Α΄Κατηγορία, τερμάτισε στη 12η θέση και υποβιβάστηκε.
Η πρώτη νίκη της και γενικότερα το πρώτο βαθμολογικό κέρδος της ομάδας στην Α΄ Κατηγορία ήρθε στις 12 Σεπτεμβρίου 2015 στην 3η Αγωνιστική του Πρωταθλήματος όταν κέρδισε στην έδρα της τον Άρη Λεμεσού με σκορ 3-0.
Την περίοδο 2016-17 τερμάτισε στην δεύτερη θέση του Πρωταθλήματος Β΄ Κατηγορίας και προβιβάστηκε στην Α΄ Κατηγορία.
