Την σεζόν 2002–03, ο Παναθηναϊκός με την ίδια πετυχημενή συνταγή σημείωσε μια ακόμη αξιόλογη ευρωπαϊκή πορεία, αυτήν τη φορά στον θεσμό του κυπέλλου ΟΥΕΦΑ, φτάνοντας μέχρι την προημιτελική φάση της διοργάνωσης αποκλείοντας κατά σειρά τις Λίτεξ Λόβετς (1–0 εκτός και 2–1 εντός), Φενέρμπαχτσε (1–1 στην Πόλη και εντυπωσιακή νίκη με 4–1 στην Αθήνα), Σλόβαν Λίμπερετς (ισοπαλία 2–2 εκτός και νίκη 1–0 εντός) και Άντερλεχτ (3–0, 0–2).
Οι “πράσινοι” αποκλείστηκαν στην προημιτελική φάση από την Πόρτο του Ζοσέ Μουρίνιο, μετέπειτα νικήτρια του θεσμού εκείνης της χρονιάς. Στον πρώτο αγώνα στην Πορτογαλία ο Παναθηναϊκός νίκησε 1–0 με γκολ του Εμμάνουελ Ολισαντέμπε, αλλά γνώρισε την ήττα στον επαναληπτικό της Αθήνας στην παράταση.
Οι συνθέσεις των ομάδων, στη μεγάλη νίκη του Παναθηναικού στην Πορτογαλία…
Πόρτο (Μουρίνιο): Βίτορ Μπαΐα, Μάριο Σίλβα, Ζόρζε Κόστα, Πέδρο Εμάνουελ, Πάουλο Φερέιρα, Μανίσε, Κοστίνια (Γιανκάουσκας 56′), Ντέκο, Καπούσο (Πεϊσότο 46′), Έλντερ Πόστιγκα, Ντερλέι (Αλένιτσεφ 56′).
Παναθηναϊκός (Μαρκαριάν): Νικοπολίδης, Φύσσας, Χένρισκεν, Κυργιάκος, Σεϊταρίδης, Μπασινάς, Μικάελσεν, Καραγκούνης (Γκούμας 87′), Κόλκα, Λυμπερόπουλος (Λίνκαρ 92′), Ολισαντέμπε (Κωνσταντίνου 87′).
Οι συνθέσεις των ομάδων στον επαναληπτικό στην Λεωφόρο…
Παναθηναϊκός: Νικοπολίδης, Χένρικσεν, Σεϊταρίδης (105 Βαζέχα), Κυργιάκος, Φύσας, Κόλκα, Μικάελσεν, Καραγκούνης, Κωνσταντινίδης (46 Γκούμας), Λυμπερόπουλος, Ολισαντέμπε (81 Κωνσταντίνου)
Πόρτο: Βίτορ Μπαϊα, Ζόρζε Κόστα, Καρβάλιο, Κοστίνια, Αλενίτσεφ (65 Τιάγκο), Μάριο Σίλβα (72 Ρικάρντο Κόστα), Μανίς, Πάουλο Φερέιρα, Ντέκο, Ντερλέι, Χέλντερ Ποστίγκα (85 Μάρκο Φερέιρα).